Les championnes de Suède et coéquipières de Marta, équipe la mieux placée du chapeau des noms tête de série, se frottera à une formation qui a effectué à l'intersaison un recrutement ambitieux. Les seizièmes de finale se dérouleront les 9/10 et 16/17 octobre 2013. Le tenant du titre VfL Wolfsburg rencontrera le club estonien du Pärnu JK alors que les finalistes en titre de l'Olympique Lyonnais ont hérité du FC Twente.
Les clubs ayant passé la phase de qualification rejoignaient en 16es de finale les équipes qualifiées d'office. Il y avait deux chapeaux au tirage au sort des 16es de finale : un avec les têtes de série n°1 à 16 (selon leur coefficient) et un autre avec les non-têtes de série classées de 17 à 32. Les non-têtes de série étaient tirées contre les têtes de série et joueront à domicile le match aller. Aucun club ne pouvait affronter un autre club de la même association ou une équipe de leur groupe de la phase de qualification.
Le tirage au sort des 8es de finale a eu lieu et aucune équipe n'était tête de série. Les 16 boules contenant les morceaux de papier indiquant "Vainqueur du match 1" à "Vainqueur du match 16" étaient placées dans une vasque et mélangées. L'équipe tirée la première joue le match aller à domicile contre la deuxième équipe tirée, et ainsi de suite. Ce tirage au sort n'est sanctionné d'aucune contrainte.
Les clubs ayant passé la phase de qualification rejoignaient en 16es de finale les équipes qualifiées d'office. Il y avait deux chapeaux au tirage au sort des 16es de finale : un avec les têtes de série n°1 à 16 (selon leur coefficient) et un autre avec les non-têtes de série classées de 17 à 32. Les non-têtes de série étaient tirées contre les têtes de série et joueront à domicile le match aller. Aucun club ne pouvait affronter un autre club de la même association ou une équipe de leur groupe de la phase de qualification.
Le tirage au sort des 8es de finale a eu lieu et aucune équipe n'était tête de série. Les 16 boules contenant les morceaux de papier indiquant "Vainqueur du match 1" à "Vainqueur du match 16" étaient placées dans une vasque et mélangées. L'équipe tirée la première joue le match aller à domicile contre la deuxième équipe tirée, et ainsi de suite. Ce tirage au sort n'est sanctionné d'aucune contrainte.
Résultats du tirage
16es de finale
9/10 et 16/17 octobre
Konak Belediyesi (TUR) - RTP Unia Racibórz (POL)
MTK Hungária FC (HUN) - 1. FFC Turbine Potsdam (GER)
R. Standard de Liège (BEL) - Glasgow City LFC (SCO)
Tyresö FF (SWE) - Paris Saint-Germain FC (FRA)
Pärnu JK (EST) - VfL Wolfsburg (GER, tenantes)
FSK St.Pölten-Spratzern (AUT) - ASD Torres Calcio (ITA)
Apollon Limassol LFC (CYP) - SV Neulengbach (AUT)
ŽFK Spartak Subotica (SRB) - FC Rossiyanka (RUS)
PK-35 Vantaa (FIN) - Birmingham City LFC (ENG)
FC Zürich Frauen (SUI) - AC Sparta Praha (CZE)
LSK Kvinner FK (NOR) - FCR Malmö (SWE)
FC Twente (NED) - Olympique Lyonnais (FRA)
WFC SSHVSM Kairat (KAZ) - Arsenal LFC (ENG)
FC Barcelona (ESP) - Brøndby IF (DEN)
Thór/KA (ISL) - FK Zorkiy Krasnogorsk (RUS)
UPC Tavagnacco (ITA) - Fortuna Hjørring (DEN)
8es de finale
9/10 et 13/14 novembre
Barcelona/Brøndby - Zürich/Sparta
Konak/Unia - Apollon/Neulengbach
Tavagnacco/Fortuna - Tyresö/PSG
Spartak/Rossiyanka - Spratzern/Torres
MTK/Potsdam - Twente/Lyon
Thór/Zorkiy - PK-35/Birmingham
LSK/Malmö - Pärnu/Wolfsburg
Kairat/Arsenal - Standard/Glasgow
9/10 et 16/17 octobre
Konak Belediyesi (TUR) - RTP Unia Racibórz (POL)
MTK Hungária FC (HUN) - 1. FFC Turbine Potsdam (GER)
R. Standard de Liège (BEL) - Glasgow City LFC (SCO)
Tyresö FF (SWE) - Paris Saint-Germain FC (FRA)
Pärnu JK (EST) - VfL Wolfsburg (GER, tenantes)
FSK St.Pölten-Spratzern (AUT) - ASD Torres Calcio (ITA)
Apollon Limassol LFC (CYP) - SV Neulengbach (AUT)
ŽFK Spartak Subotica (SRB) - FC Rossiyanka (RUS)
PK-35 Vantaa (FIN) - Birmingham City LFC (ENG)
FC Zürich Frauen (SUI) - AC Sparta Praha (CZE)
LSK Kvinner FK (NOR) - FCR Malmö (SWE)
FC Twente (NED) - Olympique Lyonnais (FRA)
WFC SSHVSM Kairat (KAZ) - Arsenal LFC (ENG)
FC Barcelona (ESP) - Brøndby IF (DEN)
Thór/KA (ISL) - FK Zorkiy Krasnogorsk (RUS)
UPC Tavagnacco (ITA) - Fortuna Hjørring (DEN)
8es de finale
9/10 et 13/14 novembre
Barcelona/Brøndby - Zürich/Sparta
Konak/Unia - Apollon/Neulengbach
Tavagnacco/Fortuna - Tyresö/PSG
Spartak/Rossiyanka - Spratzern/Torres
MTK/Potsdam - Twente/Lyon
Thór/Zorkiy - PK-35/Birmingham
LSK/Malmö - Pärnu/Wolfsburg
Kairat/Arsenal - Standard/Glasgow
